[Central Dogma] 最終教條(或譯終極大垂直溝)
位於NERV總部底深遂廣闊的地下空間。它的最底層存在著LCL之海，以及釘在紅十字架上的LILITH。順帶一提，在生物學上來說，Central Dogma 是指 DNA - RNA - Protein(蛋白質)轉換時的不可逆訊息流。
[Community/Colony] (GUNTAI) 菌落
這是美里從補完計劃的觀點出發，指稱人類是「無用的菌落」時，所用的詞彙。就[菌落]這個字而言，原本是指一群互相連結的有機體，彼此可用分裂或出芽的方式增殖出新的物種。在菌落中生存的個體，擁有個別的生存方式。
[Command Centre] (HATSUREISHO) 發令所/指揮中心
位於NERV總部中央戰情中心內部的發令室。令人聯想起艦橋的構造。戰鬥期間，由司令官，副司令，作戰指揮官組成的七人核心團隊，群聚此處。所有的號令，都出自發令所。
NERV總部擁有另外兩處發令所。自從第一發令所毀於第14使徒的入侵之後，第二發令所便取而代之。
順帶一提，位於發令所之下，建有三座次等發令所，以及最早開發的MAGI系統。這也是劇中戰略自衛隊攻勢頓挫的主要因素。