[MAGI]東方三賢
由已故的赤木直子完成其基礎理論，而律子接手完成的超級電腦。據稱MAGI相當於NERV的大腦。它策劃，修正與解決許多系統的秘密與計劃。MAGI是由三大系統組成:MELCHIOR-1， BALTHASAR-2 and CASPER-3。最後的決策出自於這三大系統的商議。
這部電腦之所以近似於人類，不只是因為它模擬出人類所有的左右為難模式，並且還採用人格移植的作業系統，一種將人類的邏輯思考模式移植到電腦上的系統。該思維模式乃是移植自赤木直子博士。MELCHIOR-1， BALTHASAR-2 與 CASPER-3分別移植了直子身為科學家，母親，與女人的性格。
另外，MAGI的名字來自於新約聖經的東方三賢者。MELCHIOR， BALTHASAR and CASPER 乃分別為此三人的名字。
在25話開頭，由東京市郊的MAGI二號，以及德國，美國與中國等五部MAGI企圖聯手駭進座落於MERV本部的MAGI系統。
[Mark of NERV] NERV的標誌
特務機關NERV的標誌乃是由三部份組合而成 : 組織本身的名稱，一張圖與一份箴言。組織名稱為「NERV」。箴言為'God's in his heaven。 All's right with the world'，從19世紀的詩人羅伯。白朗寧所寫的Pippa Passes節錄而出。另外，圖片繪有無花果的半枚葉子。無花果，根據傳說，乃是纏住亞當與夏娃的原罪象徵。這也令我們想起偷嚐了智慧的禁果的人類。