[S^2 Engine] (S^2 KIKAN) S2機關
基於葛誠博士主張之超磁線圈理論運行的動力產生系統。一旦EVA搭載了這份機關，它的活動時間便可無限延長。所有的使徒都擁有S2機關，初號機亦在吞噬第14使徒時取得。再者，五號機開始的EVA系列，也都搭載了S2機關，因此再不需要臍帶電纜。
[Second Children] 第二適任者
就是指總流。明日香。蘭格雷，由馬爾杜克機關甄選，繼綾波零後亦成為適任者。在德國支部受訓，然後轉赴日本。
因同步率降低而喪失自信，曾經迷失了一段時間。後來為NERV情報人員找回。25話中，當戰自大隊發動攻勢時，她還在醫院接受治療。
[Second Impact] 第二次衝擊
之所以如此命名，乃是因為這衝擊是自從四億年前在地球發生的小行星撞擊事件以來，最大的一次災難之故。地球的環境起了根本的變化：洪水，火山爆發，以及地軸偏斜等等。再加上隨後引發的世界大戰，導致半數的人類死去。
一般的說法是因大量隕石撞擊到南極的冰山所引起。但實際上，這是一場由人類引起的災難：SEELE與源堂的組織想在其他使徒覺醒以前，將亞當(第一使徒)，還原至卵的狀態，因而引發了第二次衝擊。
[Secret Agency NERV] (TOKUMUKIKAN NERV) 特務機關NERV
一個執行人類補完計劃，不受法律限制的特務機關。其組成的方式，是將原本的計劃調查組織GEHRIN解散，而讓其原班人馬搬進新的組織之中。總部位於第三新東京市。這是含有德國，美國等支部的國際性機構。雖然就外人的眼光來看，國聯是它的直屬機關，但實際上對其毫無影響力。NERV是直接受命於SEELE的。雖持有數架福音戰士(Evangelion，泛用人形的決戰武器)，NERV本身僅擁有此與使徒決戰的武力。當它遭到戰自大隊的攻擊時，並沒有反擊的武力與之對抗(25話AIR)。
[Secret Dead Sea Scrolls] (URA SHIKAI BUNSHO) 死海古卷
一份做為SEELE行動方針的文件。依照死海古卷的記載，SEELE造出EVA，並讓其與使徒作戰。似乎也是這份文件，記載了所有來襲的使徒。
順帶一提，死海古卷的確存在，並且是在1947年靠近死海的一個洞穴中出土。
[SEELE]
第二次衝擊前就已存在的秘密組織。該組織隱藏了第二次衝擊的真相，以及使徒的存在，並且擁有動用國聯與其他國家的特權。第二次衝擊之後，它以國聯為掩護，建立了人類補完委員會，以及特務機關NERV和EVA系列。
SEELE的人類補完計劃乃是對照死海古卷的記載加以完成。該計劃的目標是要將人類進化到另一階段。然而，由於喪失了隆基努斯長槍，復因碇源堂(NERV本部司令)的背叛，計劃的最後階段勢必修改。
順帶一提，SEELE德文的意思是'靈魂'。所有與SEELE相關的組織，如GEHIRN與NERV，其名稱也都來自德文。是否有此可能--這些組織初期都在德國成立？
[SEELE's Coat of Arm] (SEELE no MONSHOU) SEELE的標誌
該標誌含一倒三角圖形，並於其上覆有七隻眼睛。莉莉絲的面孔上也塗有此一標誌。耶和華，舊約中的上帝，亦擁有七隻眼，是否與該標誌有關，並不清楚。
[Single-Form] (Tantai) 單體
人類補完計劃的目的，就是將人類以人工進化成一單體的組織，此一單體意指融為單一個體的生命型態。此一名詞與群體有所區別，群體是指由多種個體所形成的生命體。
[Souryu.Asuka.Langley] 總流.明日香.蘭格雷
第二適任者。貳號機的駕駛。美國國籍，具有1/4的日本與德國血統。智商相當高，14歲即大學畢業。在戰鬥初期，以高於第三適任者等人的同步率受到重視。幼年失怙，導致人格有極高的侵略性。只有透過對外聒噪她個人的優秀，才能確保心理上的平衡。
生日12月4日。 血型：O型，14歲。
[Souryu.Kyouko.Zeppelin] 總流.京子.絲柏麗
明日香的生母。一場接觸實驗的意外導致她精神分裂。之後，變成一個只活在自己心中世界的人，以致於用自殺結束了自己的生命。她的靈魂宿於貳號機的核中。
[Spear of Longinus] 朗基努斯之槍
一把巨螺旋形的長槍，可以用來貫穿A.T力場。這把槍在其一端為兩個分衩，當開始投執貫穿目標時，分叉重合為一。
該槍在對第十五使徒作戰時首次使用。在衛星軌道上將使徒擊破。然而，長槍本身也因進入月球軌道，而無法收回。
長槍真正的用途並不是武器。似乎，長槍是補完計劃在使用莉莉絲時的必要工具。
順帶一提，隆基努斯乃是負責執槍刺死基督的一名士兵。現在長槍由羅馬奧古斯丁教堂收為古蹟。
[Spear of Longinus (copy)] 朗基努斯長槍(複製品)
EVA量產系列的作戰武器。本身以隆基努斯之槍為模型，並且可以改變其長度與形狀。當它穿透A。T力場時，前端兩叉捲起重合，並突進力場。25話中，這把槍刺穿了二號機的力場，接著刺穿了仍在戰鬥中的二號機，直到二號機完全沉默。這種長槍無法與莉莉絲執行補完計劃，但仍擁有與原長槍同等的破壞力。
[Stigmata] (SEIKON) 聖痕
語出自第26話，SEELE委員們對初號機雙手被刺之傷痕所說。英文叫做「stigma」。原意是指灼印在牲口或奴隸上的痕跡。在天主教中，常傳說基督殉道時的聖痕(雙手，雙腳，側腹，前額上)有時找不出任何解釋，會出現在人體上。
[Strategic Self-Defence Force] (SENRYAKU JIEITAI) 戰略自衛隊
直隸於日本國防部的軍事武力。由於中國與越南間的衝突而促其成立，為沒有任何軍事力量的日本政府所籌組(原本的日本自衛隊，其陸海空三軍均已納編到國聯的部隊之下)。其英文縮寫為JSDF，就是「日本戰略自衛軍」(SIC)之意。通常也稱為「Senji」(日語)，是日文的簡稱。在25話(AIR)中，由於日本政府的授命，一整編師的戰略自衛隊企圖直接佔領特務機關NERV。